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El Centro de Museos de la Universidad de Caldas adscrito a la Vicerrectoría de Proyección Universitaria, fue creado en 1996 con el propósito de reunir en una sola administración las colecciones de arqueología, arte, geología e historia natural,  ubicadas en diferentes sedes del alma mater.
Estas colecciones han guiado el desarrollo del museo, como se refleja en su sede, un antiguo claustro, adecuado, para proveer la infraestructura de los laboratorios, el taller de restauración, los depósitos, talleres para actividades múltiples, el centro de documentación, espacios expositivos permanentes y temporales y el área administrativa. Estos espacios cumplen las funciones primordiales del museo: conservar, investigar y comunicar, fortaleciendo la formación de los agentes multiplicadores del patrimonio cultural regional .
El museo universitario brinda asesoría en las áreas de museología, museografía, patrimonio cultual, arqueología, manejo de especímenes de ciencias naturales y desarrolla investigaciones en temas afines a sus colecciones. Ofrece también talleres infantiles y visitas guiadas a escolares y al público en general.
ARQUEOLOGÍA: Francisco Jaramillo Montoya inicia esta colección arqueológica que posteriormente, en la década de los 40’, siglo XX,  fue la base para que la Sociedad de Mejoras Públicas de Manizales creara la Sala Quimbaya en el Palacio de Bellas Artes, que en 1957 pasa a ser administrado por la Universidad de Caldas, donde recibe el nombre de “Museo Antropológico de Caldas”, en los años 80’ es conocido como el Museo Arqueológico de la Universidad de Caldas, y desde 1996 esta colección forma parte del Centro de Museos de la Universidad de Caldas.
La colección cuenta con 5.200 objetos, (cerámica, líticos, metalurgia, madera y restos óseos) pertenecientes a las culturas prehispánicas que habitaron el Valle medio del río Cauca, constituyéndose como la colección regional más importante por la excelencia técnica y estética de las piezas asociadas periodos.
ARTE: El Museo cuenta con doce bocetos de la serie “El Martirio de San Sebastián” – Homenaje a Andrés Escobar”, futbolista de la Selección Colombia trágicamente desaparecido el 2 de julio del año de 1994, en la ciudad de Medellín - Colombia. Obra realizada por el maestro David Manzur y donada a la Universidad de Caldas en 1999.
GEOLOGÍA Y PALEONTOLOGÍA: La colección inicial perteneció a la Facultad de Geología y Minas, y se ha ido incrementado y desarrollado gracias al esfuerzo de profesores y estudiantes del Programa de Geología y a la compra y donaciones de colecciones particulares de destacados científicos de renombre nacional como son las colecciones de los Doctores Gerardo Botero y Andrés Posada.
A partir de 1996 la Colección de Geología forma parte del Centro de Museos de la Universidad de Caldas; constituida por colecciones de diferentes especímenes provenientes de diversas localidades de Colombia y el mundo, conformadas por 850 rocas, 800 minerales y más de 2500 fósiles.
NATURALISTICA: A partir de 1976 se inicia en el Alma Mater una colección de especímenes biológicos preparados por A. Negret y Jesús H. Vélez con la cual se crea el hoy desaparecido Museo de Historia Natural. Desde 1996 hace parte del Centro de Museos de la Universidad de Caldas que se responsabiliza por su conservación, investigación y divulgación. 
Cuenta con doce mil especímenes y es particularmente reconocida y apreciada en el ámbito nacional e internacional por la variedad y riqueza de sus mariposas y por el desarrollo de algunas investigaciones que han llevado al descubrimiento de nuevas especies para la ciencia.  Lo anterior ha permitido que la colección sea la cuarta en importancia dentro del contexto naturalístico colombiano. Fruto de esto son las investigaciones reflejadas en la publicación del boletín científico especializado en la colección biológica, liderado por Julián Adolfo Salazar, curador de la colección.